Expressed sequence tag

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Le Expressed Sequence Tags (ESTs) sono dei brevi frammenti di DNA trascritti e sequenziati da una sequenza di cDNA (ottenuto dalla retrotrascrizione dell'mRNA che ha già subito il processo di splicing) più lunga. In sostanza, rappresentano parti di geni espressi e possono essere utilizzate ad esempio come sonde per identificare quali proteine vengono espresse in una cellula, come nei microarray oppure possono essere usate nella scoperta di nuovi geni o nella determinazione della loro sequenza e della loro posizione nel genoma.
Il termine EST fu introdotto nel 1991 da Craig Venter.

Le EST non corrispondono necessariamente a frammenti di mRNA, ma possono appartenere anche ad altri RNA non codificanti per alcuna proteina (ncRNA), come i miRNA, sebbene presenti in quantità molto basse. Le EST sono sequenze brevi (in genere tra le 300 bp e le 500 bp) e piuttosto inaccurate (circa un 2% di errore); ciò è dovuto al fatto che la reazione di sequenziamento viene di solito effettuata automaticamente in una sola direzione o comunque non-overlapping. Le EST sono dunque in genere più corte dei trascritti completi, perché sequenziare un intero mRNA è più costoso: questo però può produrre risultati errati nel caso vi siano forme di splicing alternativo non conosciute.

Le identificazioni di nuove EST procede rapidamente, ed ora le EST pubbliche disponibili ammontano a quasi 55 milioni (GenBank, luglio 2008), di cui oltre 8 milioni derivano da sequenze umane: tuttavia, alcune rappresentano sequenze ridondanti o mappano sullo stesso mRNA, sebbene in punti diversi, il che può spiegare l'enorme abbondanza di EST in rapporto al numero di geni. Infatti, in base alle conoscenze attuali (2008) del genoma umano, non vi è alcuna verifica sperimentale dell'esistenza di un numero così alto di geni codificanti.

Collegamenti

(EN) The NCBI Handbook sezione sulla descrizione delle EST

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